El primer convento franciscano de Mendoza se situaba en el área fundacional de la ciudad. Los primeros frailes provenían de la provincia de la Santísima Trinidad de Chile hasta que en 1814 la jurisdicción mendocina es transferida a la Provincia de la «Asunción de la Santísima Virgen del Río de la Plata».
El terremoto de 1861 destruye el primitivo emplazamiento, de las ruinas se rescataron las imágenes de la Virgen del Carmen de Cuyo y de San Antonio que hoy se veneran en la actual Basílica San Francisco.
Luego de una breve estadía en San Francisco del Monte pasaron a ocupar la manzana 17 de la nueva ciudad, donde se ubican actualmente,
En 1870 se inicia la construcción del convento y pocos años después la construcción de la actual Basílica. Este templo, el más antiguo de la ciudad nueva, queda terminado en 1893. Un nuevo terremoto, en 1927, destruye las torres y el campanario. Ese mismo año, el 23 de abril, Pio XI la declara Basílica Menor. En 1928 la Basílica San Francisco es declarada monumento Histórico Nacional y Patrimonio Cultural.
La imagen de la Virgen del Carmen se venera en un camarín especial del templo donde se conserva el bastón de mando del Gral San Martín, quien la nombra Patrona y Generala del Ejercito de los Andes.
En la nave sur de la Basílica se encuentran los restos de Merceditas de San Martín, de su esposo Mariano Balcarce y la hija de ambos María Mercedes.
Los inicios de la escuela franciscana de Mendoza se remontan a la ciudad vieja. Fray Francisco Inalican – de origen araucano — es maestro y director de la escuela. El 30 de abril de 1717 inicia la escuela de primeras letras, en la manzana actualmente comprendida entre Chacabuco, José Federico Moreno, Maipú y Montecaseros
El 17 de noviembre de 1817 se funda la enseñanza secundaria con el nombre de «Colegio de la Santísima Trinidad», a cargo del Pbro José Lorenzo Guiraldes. En 1820 se estableció con el nombre actual Colegio San Buenaventura. (Resolución 403/1917). A principios del siglo XX se comienza la construcción del edificio destinado a la escuela en la ciudad nueva que será reformado a finales de la década del 60. En estos años se cambia el plan de estudio de Bachiller a Orientación Comercial.